附属研究施設は、これまで医学部内に設置していた４つの附属教育研究支援施設をスクラップ＆ビルドするとともに、新たな研究支援機能を付与し、８つのセンターとして再構築しました。
| センター長 | ： | 中島 修 教授 |
| 設置目的 | ： | 組換えDNA実験その他の遺伝子実験に関する研究及び教育を行うことにより、山形大学医学部における遺伝子に関する研究の総合的推進を図ること |
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| センター長 | ： | 藤井 順逸 教授 |
| 設置目的 | ： | 医学の教育・研究に必要な実験動物を適切に飼育・管理し、精度の高い動物実験を効率よく行うこと |
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| センター長 | ： | 鹿戸 将史 教授 |
| 設置目的 | ： | 放射性同位元素の使用、管理等を適正にし、放射線障害の発生を防止して安全を確保すること |
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| センター長 | ： | 上野 義之 教授 |
| 設置目的 | ： | 情報ネットワークを適正に管理すること |
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| センター長 | ： | 藤井 順逸 教授 |
| 設置目的 | ： | 医学の教育・研究に必要な設備・機器を適正に管理すること |
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| センター長 | ： | 二口 充 教授 |
| 設置目的 | ： | 医学部の教職員に係る病理解析を支援すること |
| センター長 | ： | 中島 修 教授 |
| 設置目的 | ： | 分子疫学研究によって得られた生体試料を適正に管理すること |
| センター長 | ： | |
| 設置目的 | ： | 医学部の教職員に係る画像解析を支援すること |
