(改訂日 2014/4/4)

 生化学実験室 

   生化学実験室は遺伝子・蛋白質関係の解析装置が設置してある分析室、分析準備室、暗室、低温室から構成されています。   
場所の関係から一部画像処理関係機器は
生理実験室に設置しています。 

     生化学実験室

   分析室には、以下の機器が設置されています(以下の機器名をクリックすると機器の項目に飛ぶことができます)。

   DNAシークエンサーPCR(遺伝子増幅)装置超遠心機冷却遠心機超音波細胞破砕装置、   
   分光蛍光光度計高速液体クロマトグラフィー可視紫外分光光度計純水製造装置   
   

 

   1. DNAシークエンサー  3130、ABI社

      DNAシークエンサーは配列をみたい遺伝子の塩基配列(A,G,C,T)の並び方を決める機器です。以前は放射性同位体を使用していましたが、現在は蛍光色素を使う方式に変わっています。蛍光標識したDNA断片を分離する方式には2通りあって、1つは尿素-ポリアクリルアミド平板ゲルを使用するタイプのもの(ABI 社、373A、377A、現在は市販されていない。他社のものは入手可能)とキャピラリー管といって極細い管(例、50μm x 61cm)にマトリックスという高分子物質を詰めて分離するタイプ(ABI 社、310A、3130等)の2つがあります。3130は4本キャピラリーを装備し、POP 7というマトリックスを使用することにより、1時間当たりで850塩基x4試料の解析が可能になっています。現在は拡張性の点からキャピラリー管を採用したDNAシークエンサーが主流になっています。平成21年度末には24本キャピラリー管を装備したDNAシークエンサー3500xl が導入され稼動しています。こちらの機器は大量にサンプルをお持ちの方(主にGCOE研究者)が利用しております。利用を希望される方は佐藤まで連絡いただけますようお願いします。   

   生成した塩基配列データを見るには、
   
  Mac 用ソフトウエア

  Finch TV for Mac OS 10.3.8 and above (Geospiza.com)
  4Peaks for Mac OS 10.3 and above (mekentosj.com)   

  Win 用 ソフトウエア
  Chromas (technelysium社)
  Sequence Scanner Softwear (ABI)
  Finch TV (Geospiza.com)
  Unix・Linux用 Solaris用ソフトウエア

  多数の塩基配列データを利用して、大きな一つの塩基配列にまとめるには Genetyx が便利ですので申請してご使用下さい。

    その他、遺伝子・蛋白質情報処理ソフトウエアサイト

     分子生物学研究ツール集

    University of Wisconsin Biotechnology Center 

      現在このDNAシークエンサーを使用した塩基配列解析には、試料をセンターで預かって解析しております(受託解析)。受託解析を依頼する場合 MS-Excel ファイルをご利用下さい。費用については「消耗品費について」をごらんください。他学部の研究者で配列解析を申し込みたい方は事前に佐藤宛メールで連絡ください。使用できる試薬はBigDye Version 1.1および3.1 に対応しております。

     DNA sequencer 3130  

   2. DNAシークエンサー  3500 xl、ABI社

      3500xl

     平成21年度導入機器 --- 機器消耗品は全てパウチに入っていてバーコード管理されています。陰極・陽極緩衝液、POP 7の交換などは使用者が対応する事になっています。 

 

     PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)はマリス博士によって1980年代半ばに考案され、無生物的に遺伝子を増幅する技術として、今では生物学・医学関係はもとより、法医学、考古学にも使われ現代に無くてはならない技術になっています。この功績によりマリス博士はノーベル賞を受賞しています。センターにはPCR装置としては平成21年度導入されたグラジェント機能搭載、96試料用のVeriti(ABI 社)および、平成16年度導入されたグラジェント機能搭載、Thermal Cycler Dice TP600 (Takaraバイオサイエンス社)があります。 

  2. PCR装置(Veriti、ABI社)   2009年度、2011年度、2台

       ABI Veriti   

   3.PCR装置(TP600、Takara)

       

    機器の詳細についてはTakaraのサイト TP600 をご覧下さい。



   4. 超遠心機(生化学実験室、遠心機室) 70P-72、日立工機  

       


   5.冷却遠心機(生化学実験室、分析室) 5810R、Eppendorf 社

          


   6.全自動2次元電気泳動装置(生化学実験室、分析室)  

     AUTO 2D(シャープ)

     auto2d

   2次元電気泳動について

   Auto 2D (youtube) 使用にあたって、消耗品関係は佐藤へお問い合わせ下さい。


  7.超音波細胞破砕装置   ソニファイアー A250 (Branson社) 

     スペシャルマイクロチップ付属

     ソニケーター

  


  8. 分光蛍光光度計(FP-6300、日本分光) 

       

     測定波長:220〜750nm(150W キセノンランプ)標準セル:1cm角、4面透明セル(最少容量、0.4mL)
     マイクロセル:0.5cm角、4面透明セル(最少容量、0.1mL)アダプター使用 
      温度コントロール:4度〜60度(クーリングバス使用時)   
     ソフトウエア:Windows 2000、データ取り出し:USBメモリー(全面差し込み口有り)


  9. 高速液体クロマトグラフィー(LC-2000、日本分光) 
       機器センター1階、レーザー顕微鏡室へ移動しました!!
 (2008/07/30)

  

    2ポンプグラジェントシステム、デガッサー、高圧ミキシングデバイス、オートサンプラー(50サンプル、エッペンドルフチューブ使用可、最少試料容量50マイクロリッター)、カラム温度コントローラ、512チャネル多波長検出機(195-650nm)、分光蛍光検出機、データ処理装置(Windows 2000)

   使用説明書については機器センターダウンロードサイト、機器取扱説明書「高速液体クロマトグラフィー(日本分光) 」をクリックしてpdfファイルをダウンロードしてご覧下さい(学内のみ)。

  参考サイト

  液体クロマトグラフィー分析の留意点(島津製作所)


  10. 可視紫外分光光度計  ベックマン社、DU-7400 

     


  11.  純水製造装置  小松電子、うるぴゅあ

     うるぴゅあ  

     その他にドライサーモユニット、マイクロ遠心機等があります。また分析準備室にはそれぞれ以下の機器が配備されています。

     分析準備室:マイクロ遠心機、蒸留水製造装置、冷蔵庫、恒温槽、ドラフトチェンバー

      なお使用した消耗品の費用については「消耗品費について」をごらんください。画像解析関係機器は生理実験室に有ります。

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